短程分子蒸餾和其他蒸餾過程一樣，在實驗剛開始進料時需要對系統的各項參數進行調整（如溫度，壓力，進料量等），系統的蒸發與冷凝還沒有達到平衡，這時收集到的輕，重組分樣品并不能準確代表這個溫度、壓力、進料量的參數，一般我們需要在這些參數穩定后的3到5分鐘后才開始收集輕、重組分樣品。在實驗結束后，我們需要對設備進行降溫，放散真空，減小進料量等一系列操作，這時收集下來的樣品也需要及時被切換掉廢棄不用。

 

　　短程蒸餾設備蒸發速率隨溫度的升高而升高，但分離系數有時隨溫度的升高而降低。因此，應根據加工材料的熱穩定性選擇經濟合理的蒸餾溫度。蒸汽分子在向冷凝表面蒸發的過程中可能相互碰撞，并可能與留在兩側的空氣分子發生碰撞。

　　由于蒸發分子比空氣分子重得多，并且它們大部分具有相同的運動方向，它們自身的碰撞對飛行方向和蒸發速率幾乎沒有影響。殘余分子在兩側都處于混沌運動狀態，因此殘余分子的數量是影響蒸發方向和速度的主要因素。

　　只要冷熱兩側有足夠的溫差，冷凝表面是合理的，光滑的，可以認為冷凝步驟可以瞬間完成，因此選擇合理的形式是非常重要的。短程蒸餾器在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，在進行使用時對微小的壓力將引起蒸汽的流動。

　　在進行蒸餾的過程中，其物料是從蒸發器的頂部有效的加入的，在進行使用時會有效的經過其轉子上的料液分布器有效的將其連續均勻的分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜。

　　并以螺旋狀向下推進，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和幾乎未經碰撞到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出;殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。